昆虫学报

北大核心,CA,JST,Pж(AJ),CSCD

国内刊号:11-1832/Q

国际刊号:0454-6296

昆虫学报杂志2024年第10期:基于基因组规模数据的蜡蝉总科系统发育关系

发布日期:

作者:林兴雨,尹新明,宋南

单位:河南农业大学植物保护学院, 河南省害虫绿色防控国际联合实验室, 河南省害虫生物防控工程实验室, 郑州 450046

关键词:蜡蝉总科,全基因组测序,单拷贝直系同源基因,转录组,系统发育

【目的】基于低覆盖度全基因组测序数据和转录组数据重新构建蜡蝉总科(Fulgoroidea)高阶元类群之间的系统发育关系,为理解蜡蝉总科的系统发育关系提供基因组数据。【方法】利用二代测序技术获得了蛾蜡蝉科蜡蝉Flatida sp. 1种的低覆盖度全基因组测序数据,结合下载的蜡蝉总科25种(内群)和沫蝉总科(Cercopoidea)2种(外群)的低覆盖度全基因组测序数据和转录组数据,利用BUSCO提取单拷贝直系同源基因,使用Phykit根据核苷酸和氨基酸序列数据生成不同的完整性数据矩阵,分析蜡蝉总科的系统发育关系。【结果】基于低覆盖度全基因组测序数据和转录组数据得到蜡蝉总科单拷贝直系同源基因的数量为836~2 421。在蜡蝉总科的系统发育关系中,所有系统发育结果都支持菱蜡蝉科(Cixiidae)+飞虱科(Delphacidae)为蜡蝉总科其他科的姐妹群,且菱蜡蝉科、飞虱科、颖蜡蝉科(Achilidae)、袖蜡蝉科(Derbidae)、蜡蝉科(Fulgoridae)、象蜡蝉科(Dictyopharidae)、峻翅蜡蝉科(Acanaloniidae)、蚁蜡蝉科(Tettigometridae)、瓢蜡蝉科(Issidae)、杯瓢蜡蝉科(Caliscelidae)、广翅蜡蝉科(Ricaniidae)和扁蜡蝉科(Tropiduchidae)为单系群,而娜蜡蝉科(Nogodinidae)为非单系群。此外,基于4种不同矩阵利用最大似然法构建的系统发育结果支持蛾蜡蝉科(Flatidae)为非单系群。然而,基于氨基酸序列数据矩阵faa_all包含的每个标记利用物种树构建的系统发育结果中却支持蛾蜡蝉科为单系群,但是有相对低的节点支持率。【结论】本研究利用低覆盖度全基因组测序数据和转录组数据得到的蜡蝉总科的系统发育关系与之前的研究结果多数一致。但是,有关各科之间的姐妹群关系还需要获得更多的标本和分子标记来进一步明确它们的系统发育关系。

来源:2024年第10期

《昆虫学报》期刊编辑部

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