昆虫学报

作者：姚丹,周文才,詹洪平,于瀛龙,贺兴江,万炜,韦小平

单位：贵州省农业科学院现代农业发展研究所, 贵阳 550006

关键词：中华蜜蜂,低温,转录组,参考基因组,发育阶段,PacBio测序

【目的】中华蜜蜂Apis cerana cerana是东方蜜蜂Apis cerana在中国地区分布最广泛的亚种，在地理适应和生态多样性方面有显著优势。中华蜜蜂的低温适应性优于西方蜜蜂A. mellifera，可用于高海拔高山地区和冬季蜜源的采集，该性能在生产方面有重要作用，探究中华蜜蜂低温耐受性可有助于优良品系的筛选，为农业经济创造更大价值。【方法】收集分别在常温(25.0±0.2) ℃(对照)和低温(4.0±0.2) ℃下处理6 h时的中华蜜蜂3, 10和21日龄工蜂6组样本，进行转录组二代测序(Illumina RNA-Seq)和全长转录组三代测序(PacBio Iso-Seq)，利用二代测序数据对三代测序数据进行校正，基于高质量的测序数据对比NR, NT, Pfam, KOG/COG, Swiss-Prot, KEGG和GO数据库，对新转录本和新基因进行功能注释。【结果】中华蜜蜂工蜂6组样本全长转录组测序分别获得71.17, 42.76, 58.82, 53.45, 40.33和42.79 Gb读段，平均N50达到205 895 bp，质控后得到164 194条一致性序列；通过比对到东方蜜蜂参考基因组可获得21 519条新转录本，与中华蜜蜂物质代谢、神经系统和信号转导等密切相关，且不同日龄中华蜜蜂受低温胁迫后，物质代谢、细胞发育、寿命及神经发育等受到影响，同时还鉴定到28 647条长链非编码RNA(long noncoding RNA, LncRNA)，其中lincRNA和sense_intronic两种类型LncRNA的占比最多，分别为35%和45%。【结论】本研究利用矫正后的中华蜜蜂工蜂PacBio Iso-Seq转录组数据鉴定到大量未注释的新基因和新转录本，并对其进行了功能注释，分析了LncRNA的数量和类型，研究结果完善了东方蜜蜂参考基因组，为中华蜜蜂抗寒机制的探究提供了良好的数据背景。

来源：2024年第5期

《昆虫学报》期刊编辑部

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