昆虫学报

作者：范小雪,张凯遥,朱乐冉,王紫馨,张奎昊,牛庆生,徐细建,骆群,陈大福,郭睿

单位：1. 福建农林大学动物科学学院蜂学学院, 福州 350002;2. 福建省蜂疗研究所, 福州 350002;3. 吉林省养蜂科学研究所, 吉林 132000; 4. 江西省养蜂研究所, 南昌 330000

关键词：意大利蜜蜂,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,全长转录本,第三代测序技术,纳米孔测序

【目的】利用前期获得的高质量纳米孔长读段测序数据对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本进行鉴定和分析，为深入开展功能研究提供参考信息和基础。【方法】基于前期获得的高质量意大利蜜蜂纳米孔长读段测序数据，通过Blast工具将意大利蜜蜂全长转录本比对Nr数据库筛选出丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本；利用gffcompare软件将筛选出的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶全长转录本与西方蜜蜂A. mellifera参考基因组(Amel_HAv3.1)上注释的转录本进行比较，以鉴定未注释的新基因和新转录本；使用Astalavista软件鉴定丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因的可变剪接(alternative splicing, AS)事件类型，采用IGV浏览器对剪接体的结构进行可视化，通过RT-PCR验证随机选取的6次AS事件的真实性。【结果】共鉴定到意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶71个基因和335条全长转录本，发掘出未注释的1个新基因和97条新转录本；共对14个已注释基因进行了结构优化，分别延伸了6个基因的5′端和8个基因的3′端。共鉴定到意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶7个基因的57次AS事件，包括40次外显子跳跃(exon skipping, ES)事件、 15次可变5′端剪接位点(alternative 5′splicing site, A5SS)事件和2次可变3′端剪接位点(alternative 3′splicingsite, A3SS)事件。对随机选取的6次AS事件的RT-PCR结果表明，所有目的片段均符合预期大小，证实了AS事件的真实性。【结论】本研究系统鉴定了意大利蜜蜂丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶基因和全长转录本，优化了西方蜜蜂参考基因组注释的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的基因结构。

来源：2023年第4期

《昆虫学报》期刊编辑部

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