昆虫学报

作者：蔡宗兵,王紫馨,吴鹰,王思懿,钱加珺,胡颖,张凯遥,顾小雨,徐细建,骆群,陈大福,郭睿

单位：1. 福建农林大学动物科学学院蜂学学院, 福州 350002; 2. 福建省蜂疗研究所, 福州 350002;3. 江西省养蜂研究所， 南昌 330000

关键词：中华蜜蜂,幼虫,第三代测序技术,细胞色素P450,全长转录本,可变剪接

【目的】利用纳米孔(nanopore)测序技术鉴定中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂幼虫肠道中细胞色素P450(cytochrome P450, CYP450)基因及其全长转录本，为后续功能研究提供参考信息和基础。【方法】通过Nanopore PromethION平台对中华蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道进行转录组测序。利用Guppy软件对原始读段(raw reads)进行质控以得到有效读段(clean reads)。通过识别两端引物鉴定全长转录本序列。使用BLAST工具将上述全长转录本的序列比对到Nr和GO数据库以鉴定CYP450基因及其全长转录本。采用Astalavista软件鉴定基因的可变剪接(alternative splicing, AS)事件。通过RTPCR验证不同类型AS事件的可靠性。【结果】在中华蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道中分别测得7 338 627, 7 003 419和7 434 233条原始读段，经质控得到的有效读段数分别为7 289 494, 6 959 880和7 387 756条。鉴定到的非冗余全长转录本总数为48 200条。共鉴定到47个CYP450基因和265条CYP450基因全长转录本。共鉴定到CYP450基因的90次AS事件，包括36次外显子跳跃事件、20次可变5′端剪接位点事件、17次内含子保留事件、9次可变3′端剪接位点事件及8次外显子互斥事件。RTPCR结果证实随机选取的3种AS事件类型真实可靠。【结论】鉴定了中华蜜蜂的CYP450基因及其全长转录本，补充了东方蜜蜂参考基因组的相关注释，并揭示中华蜜蜂CYP450基因可通过多种AS类型产生丰富的剪接体。

来源：2023年第1期

《昆虫学报》期刊编辑部

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