昆虫学报

作者：李敏,张丹丽,李荣荣,雷廷,宋鲜梅,卜文俊

单位：1. 太原师范学院生物系, 山西晋中 030619; 2. 南开大学生命科学学院昆虫学研究所, 天津 300071

关键词：中华大仰蝽,转录组,SSR,基因注释,IlluminaNextSeq

【目的】中华大仰蝽Notonecta chinensis为中国和日本冲绳分布的重要水生天敌昆虫，可用于蚊虫的生物防治。本研究旨在建立中华大仰蝽转录组数据库，挖掘其基因信息。【方法】采用高通量测序平台Illumina NextSeq500对中华大仰蝽进行转录组测序、de novo组装及生物信息学分析；利用MISA软件基于转录组unigenes数据进行SSR新分子标记筛选。毛细管电泳检测SSR多态性。【结果】总计获得34 782 282条clean reads(NCBI SRA数据库登录号: SRR13259254)，组装成37 801条unigenes，N50为913 bp。将unigenes与已知数据库比对进行基因功能注释，分别有36 474, 32 470, 27 781, 35 079和5 638条序列注释到nr, Swiss-Prot, GO, eggNOG和KEGG数据库。通过GO数据库注释，unigenes的功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类，其中参与细胞、细胞部分及结合功能的unigenes比例较大。eggNOG数据库注释结果显示，37 801条unigenes归到25个基因家族，注释到未知功能的最多。KEGG代谢通路富集分析显示，5 638条unigenes注释到245个代谢通路，注释到核糖体的数目最多。此外，用MISA软件在转录组测序数据中的37 801条unigenes中搜索到3 124个SSR位点(占总unigenes的8.26%)，发生频率为707%。通过PCR筛选出16个SSR位点。7个中华大仰蝽地理种群3个位点NcCF/NcCR, NcKF/NcKR和NcLF/NcLR的多态信息含量(PIC)分别为0.870, 0.902和0.857，具高度多态性。【结论】本研究成功获得了中华大仰蝽转录组数据，为其基因功能分析提供了分子理论基础；SSR新标记的开发为中华大仰蝽遗传多样性分析、隐存种鉴定及基因图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。

来源：2022年第1期

《昆虫学报》期刊编辑部

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